Graph Alignment ist ein Software-Projekt, das ich für die Gruppen Lässig [externer Link] und Berg [externer Link] im Institut für Theoretische Physik [externer Link] an der Universität zu Köln umgesetzt habe. Graph Alignment ist ein Erweiterungsmodul für die R Programmierumgebung [externer Link]. Es ist teilweise in C und tweilweise in R implementiert. Der Zweck des Pakets besteht darin, Ähnlichkeiten zwischen zwei Netzwerken zu finden, indem eine Zuordnung zwischen den Knoten berechnet wird. In der Biologie kann dies verwendet werden, um Ähnlichkeiten in den Interaktionen in Gen- und Proteinnetzwerken zwischen verschiedenen Spezies zu finden.
Die Eingabedaten bestehen aus zwei Netzwerken mit beliebigen Verbindungsstärken, die durch Adjazenzmatrizen repräsentiert werden, Ähnlichkeitsscores für die Knoten und diskrete Repräsentationen der Score-Funktionen, die verwendet werden sollen. Die Zuordnung wird dann gefunden, indem der Linear Assignment Algorithmus [externer Link] von R. Jonker and A. Volgenant (University of Amsterdam) iterativ angewendet wird. Das Ergebnis des Verfahrens ist eine Permutation, die Knoten aus dem ersten Netzwerk Knoten im zweiten Netzwerk zuordnet. Hilfsfunktionen werden verwendet, um optimale Score-Parameter, eine anfängliche Zuordnung und Beispiel-Eingabedaten zu berechnen.
Das Graph Alignment Paket befindet sich momentan in der Testphase und wird bald zum Download bereit stehen. Bitte beachten Sie, dass die Verwendung aufgrund der Lizenzierung des LAP Codes auf akademische Zwecke beschränkt ist.